No CME, são considerados setores limpos a área de recepção e limpeza e a sala de desinfecção química.

Na área de limpeza, deve haver secadora própria para uso em serviços de saúde com ar quente filtrado e pistolas de ar comprimido medicinal para secagem dos produtos.

A sala de armazenamento e distribuição de materiais esterilizados deve ser uma área com amplo acesso e grande circulação para facilitar a entrega dos materiais para as unidades consumidoras.

A sala de desinfecção química, obrigatória em todos os CME, deve ser exclusiva para essa finalidade e deve estar localizada dentro do ambiente do CME.

É de responsabilidade da unidade consumidora de produtos para a saúde realizar a limpeza e o preparo do produto, enquanto ao CME cabe a realização apenas das etapas de esterilização e armazenamento.