A competência do Conselho Nacional de Justiça para o controle da atuação administrativa e financeira do Poder Judiciário afasta a competência do Tribunal de Contas da União para realizar inspeções e auditorias de natureza contábil, financeira, orçamentária e patrimonial nas unidades administrativas do Poder Judiciário.

Compete aos Tribunais de Justiça processar e julgar, originariamente, nos crimes comuns os membros dos Tribunais de Contas dos Estados e do Distrito Federal.

Compete ao Superior Tribunal de Justiça processar e julgar, originariamente, mandado de injunção na hipótese de a elaboração da norma regulamentadora ser atribuição do Tribunal de Contas da União.

Compete ao Supremo Tribunal Federal processar e julgar, originariamente, mandado de segurança contra atos do Tribunal de Contas da União.

Compete ao Superior Tribunal de Justiça processar e julgar, originariamente, os ministros do Tribunal de Contas da União nas infrações penais comuns.