Criptosporidiose, causada pelo Cryptosporidium SP, causa diarreia aquosa, que pode ser grave se provocar perda hidroeletrolítica severa, em geral acompanhada de dor abdominal, anorexia, flatulência e adinamia.

Isosporíase, causada pelo Isospora belli e é a causa de enterite em 1% a 3% dos pacientes, provoca diarreia líquida profusa, com sangue, muita secreção purulenta, cólicas abdominais, anorexia e perda de peso.

Microsporidiose, sendo causada por uma família de protozoários, que causam diarreia crônica em 15% a 30% dos casos de SIDA.

Giardíase é uma causa comum de enterite crônica. Diarreia que melhora e piora periodicamente, com cólicas abdominais, flatulência e náuseas são queixas mais frequentes.

Amebíase, sendo que a Entamoeba hystolítica pode ser isolada do cólon de até 40% dos pacientes com SIDA, entretanto, só vai causar colite grave em 10% dos hospedeiros.