O Sistema Nacional de Vigilância Sanitária é coordenado pela Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa), um órgão diretamente vinculado ao Ministério da Saúde.

O Sistema Nacional de Vigilância Sanitária não depende do Sistema Único de Saúde (SUS) e opera de forma segregada e centralizada em todo o território nacional.

A Secretaria de Vigilância Sanitária foi criada em 2001 para coordenar o SNVS.

O SNVS é de responsabilidade da União, assim, os Estados e os Municípios não possuem poder de polícia administrativa sanitária.

O Sistema Nacional de Vigilância Sanitária constitui uma autarquia federal, com independência administrativa, porém sem autonomia financeira.