Nos casos suspeitos de Complexo Mycobacterium avium (MAC) a presença de uma cultura positiva em secreção respiratória, fezes ou urina indica a necessidade de terapia.

No tratamento da meningite criptocócica, a recomendação mais recente da Sociedade Americana de Doenças Infecciosas (IDSA) preconiza o uso de anfotericina B0,7 mg/Kg sem necessidade de associar flucitosina.

O uso de imunoglobulina sérica como um tratamento adjunto ao ganciclovir em pacientes com suspeita de pneumonia por CMV é boa opção terapêutica.

Para os pacientes com contagem de células T CD4 abaixo de 50 células/mm³ , é recomendado o uso de ganciclovir oral como profilaxia primária.

Uma análise positiva da PCR do líquido cerebro espinhal para o vírus Epstein-Barr (EBV) não é específica para o diagnóstico de linfoma primário do SNC.