O ecossistema inteiro pode ser pensado como um conjunto de compartimentos entre os quais os elementos circulam. Estes modelos de compartimentos de ecossistemas podem ser organizados hierarquicamente, tendo subcompartimentos dentro dos compartimentos. O movimento de elementos dentro e entre compartimentos frequentemente envolve energia.

Ricklefs, R.E. A Economia da Natureza. Quinta edição. Rio de Janeiro: Editora Guanabara Koogan, 2003.