As secretarias municipais de saúde são responsáveis pelas seleções de medicamentos essenciais, considerando-se o princípio da descentralização do SUS.

A Câmara de Regulação de Preços de Medicamentos é a responsável pela seleção de medicamentos e leva em conta a eficácia, a efetividade, a segurança e o preço da tecnologia.

A Comissão Nacional de Incorporação de Tecnologias (Conitec) no SUS é a responsável pela seleção e desincorporação de medicamentos, considerando-se os riscos, benefícios e custos.

A Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa) é o órgão responsável pelo registro e seleção da Relação Nacional de Medicamentos, que considera os aspectos de eficácia e segurança dos medicamentos.