Na desinfecção de nível intermediário são destruídas bactérias em forma vegetativa, a maioria dos vírus e dos fungos, bem como o bacilo da tuberculose.

Materiais que entram em contato com a pele não íntegra ou com mucosas íntegras são classificados como acessórios críticos em endoscopia digestiva e respiratória.

A desinfecção de alto nível é suficiente para a destruição de todos os esporos bacterianos e de vírus lentos, sendo suficiente para a processamento de pinças de polipectomia e instrumentais de dissecção submucosa.

Uma desinfecção de baixo nível é aquela em que houve falha no processo de lavagem e por isso é considerada insuficiente, devendo ser indicado reprocessamento do equipamento antes do uso.

O álcool etílico e isopropílico, assim como o hipoclorito de sódio a 100ppm são excelentes opções de soluções germicidas para serem utilizadas na desinfecção de alto nível.