Sendo uma atividade programada, todas as auditorias deverão ser organizadas com datas marcadas para sua realização mediante a Programação Anual de Atividades de Auditoria, mesmo as eventuais (solicitações, apuração de denúncia). Desta forma, a Auditoria deve seguir fases respectivas e específicas. De acordo com o Ministério da Saúde, antes da fase de “Condução da Auditoria e Avaliação dos Resultados” deve ocorrer, respectivamente, a fase de: