Caberá as quatro esferas de governo – União, Distrito Federal, Estados e Municípios o custeio e execução das ações do sistema.

Caberá à União, com seus recursos próprios, financiar o Subsistema de Atenção à Saúde Indígena.

Caberá aos Estados, Municípios e outras instituições governamentais e não-governamentais financiar o Subsistema de Atenção à Saúde Indígena.

Caberá aos Distritos Sanitários Especiais Indígenas, por meio do governo do Estado, o custeio das ações do Subsistema de Atenção à Saúde Indígena.