O active directory dá suporte aos modos de domínio nativo e composto (ou misto). Os domínios nativos contêm somente controladores de domínio do Windows 2000 e apresentam a funcionalidade completa dos recursos desses domínios. Os domínios do modo composto podem conter tanto controladores de domínio do Windows 2000 quanto do Windows NT mas, apesar do nome, suas funcionalidades são totalmente independentes daquelas encontradas em domínios do modo nativo.