A constituição das juntas eleitorais do estado de Mato Grosso não é da competência do TRE/MT, sendo incumbência do TSE.

Os juízes efetivos e suplentes do TRE/MT, salvo motivo justificado, servirão por dois anos, não podendo ultrapassar dois biênios consecutivos, os quais são contados de forma ininterrupta, descontando-se apenas os afastamentos decorrentes de férias.

O presidente do TRE/MT é escolhido pelo presidente da República entre os indicados em lista tríplice pelo tribunal.

O TRE/MT compõe-se, mediante eleição por voto secreto, de dois juízes, entre os ministros do STJ.

Ocorrendo vacância em quaisquer dos cargos de direção do tribunal dentro do primeiro ano do biênio, o presidente convoca, imediatamente, uma sessão para escolha do suplente, que deve completar o mandato.