Para colheita de urina para urocultura, deve-se orientar o paciente para que despreze o primeiro jato e não realize assepsia íntima com sabonetes ou produtos contendo substâncias bactericidas.

Para pacientes assintomáticos, a contagem de Unidades Formadoras de Colônias que caracteriza uma infecção urinária observada após cultura adequada da urina é ≥ 10⁵ UFC/ml.

O exame bacteriológico de fezes encontra sua utilização máxima no diagnóstico etiológico de gastroenterite aguda autolimitada, caracterizada por diarreia sem a presença de muco e/ou sangue.

O diagnóstico de Escherichia coli enteropatogênica clássica não deve ser baseado em soros polivalentes, mas por meio de sorotipagem específica com soros monovalentes.

Após colheita das fezes, a amostra deve ser transportada imediatamente para o laboratório para prevenir acidificação das fezes, que é tóxica par alguns microrganismos, como a Shigella, por exemplo.