Apesar de a autonomia funcional fazer parte de seus princípios, fica o Ministério Público autorizado a elaborar seus regimentos internos somente após autorização do Poder Executivo.

A autonomia funcional, administrativa e financeira assegura-lhe exercer o controle administrativo e financeiro das folhas de pagamento, da elaboração à quitação, bem como expedir os respectivos demonstrativos.

O Ministério Público é instituição permanente, essencial à função jurisdicional do Estado, sendo-lhe defeso agir acerca da ordem jurídica, do regime democrático e dos interesses sociais e individuais indisponíveis.

Cabe ao Ministério Público, independentemente de controle externo ou fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial a aplicação de dotações e recursos próprios e renúncia de receitas.

Somente com autorização expressa dos Poderes Executivo e Legislativo, poderá o Ministério Público adquirir bens e contratar serviços, mesmo efetuando a respectiva contabilização.