fundada por monges beneditinos, em um contexto de disputa territorial com a França, que havia enviado missionários calvinistas para fundarem uma vila ali.

construída originalmente em madeira, como todas as edificações coloniais da cidade naquele período, apresentando duas torres laterais, com campanários.

concebida durante o período em que reinava Dom José I, em Portugal, uma das razões que explicam a homenagem a São José presente neste e em outros marcos da cidade.

inaugurada décadas antes da fundação da Vila de São José de Macapá, tendo se constituído como um marco do centro da cidade, onde, na praça defronte à igreja, eram realizadas festividades e feiras.

projetada por padres espanhóis quando a vila de São José tinha o nome oficial de Adelantado de Nueva Andaluzia, razão pela qual apresenta a cor banca, marca registrada das igrejas dessa região da Espanha.