A extração com fenol é usada no isolamento somente de DNA, retidos na fase aquosa, enquanto as proteínas desnaturadas são coletadas na interface das fases fenólicas e aquosa.

A pureza de uma preparação de DNA ou RNA pode ser facilmente avaliada por espectrofotometria na região de ultravioleta. Um teste simples é aproveitar o padrão de absorção típico de proteínas a 260 e determinar a relação A₂₆₀ e A₂₈₀.

Na eletroforese em gel de agarose, a velocidade de migração de uma molécula de DNA linear de fita dupla é proporcional ao log10 do número de pares de bases.

O principal problema a ser resolvido no isolamento de DNA bacteriano ou de DNA eucariótico é a remoção de proteínas (especialmente DNAses) e de RNA; no caso de DNA de alta massa molecular, evitar a quebra mecânica.

Se uma preparação de DNA estiver contaminada por RNA, este poderá ser removido somente pelo uso de RNAse.