A natureza de autarquia especial, conferida à agência reguladora pela lei de criação, assegura-lhe autonomia administrativa e financeira, bem como a não sujeição à supervisão presidencial ou ministerial.

A indicação de seus dirigentes pelo Poder Executivo é por prazo indeterminado, podendo a lei de criação prever condições para a perda da função.

Há previsão legal de impedimento ao ex-dirigente para o exercício de atividade ou a prestação de qualquer serviço no setor regulado pela respectiva agência por um período de quatro meses, contados da exoneração ou do término do seu mandato.

Os seus Conselheiros e os seus Diretores somente perderão o mandato em caso de renúncia ou de condenação judicial transitada em julgado.

Em razão de sua autonomia de gestão administrativa, financeira e patrimonial, não estão submetidas ao controle do Tribunal de Contas.