Sob o ponto de vista clínico, manifestações consideradas atípicas com relação à idade de aparecimento, tipo de sintomas, resposta ao tratamento e ao curso da doença podem alertar para a existência de causas orgânicas na origem dos sintomas.

Aspectos relevantes são a associação temporal e a plausibilidade biológica de uma condição clínica ou tóxica explicar o surgimento de sintomas psicóticos.

A situação clínica e epidemiológica deve orientar a investigação diagnóstica laboratorial para causas mais prováveis.

O diagnóstico diferencial entre psicoses primárias e secundárias com base na psicopatologia é patognomônico e pode ser de muito auxílio na pesquisa da organicidade.