No âmbito dos contratos gerenciados pela EBSERH, os servidores titulares de cargo efetivo em exercício na instituição federal de ensino ou instituição congênere não poderão ser a ela cedidos para a realização de atividades de assistência à saúde e administrativas.

A atuação de membros da sociedade civil no Conselho Consultivo não será remunerada e será considerada como função relevante.

A partir da assinatura do contrato entre a EBSERH e a instituição de ensino superior, a EBSERH disporá de prazo de até um ano para reativação de leitos e serviço inativos por falta de pessoal.

A EBSERH será administrada por um Conselho de Administração, com funções deliberativas, e por uma Diretoria Executiva e contará ainda com um Conselho Fiscal e um Conselho Consultivo.

Compete a EBSERH prestar serviços de apoio ao processo de gestão dos hospitais universitários e federais e a outras instituições congêneres, com implementação de sistema de gestão único com geração de indicadores quantitativos e qualitativos para o estabelecimento de metas.