O Sistema Harmonizado, composto por 21 Seções, constitui instrumento empregado internacionalmente para a classificação de mercadorias, a partir de uma estrutura de códigos e suas respectivas descrições. Os Capítulos 98 e 99 do referido Sistema, contudo, foram reservados para usos especiais dos países vinculados a ele. O Brasil emprega o Capítulo 99 para registrar operações como, por exemplo, de consumo de bordo de combustíveis.

No que atine à interpretação do Sistema Harmonizado, quando uma mercadoria aparentemente possa ser classificada em duas ou mais posições, a classificação deve ser feita, em regra, pela posição mais genérica em detrimento das mais específicas.

A classificação fiscal da mercadoria deve ser feita pelo próprio importador. Não obstante, em caso de dúvida sobre a classificação do bem, há previsão legal para que, respeitados parâmetros, seja formulada consulta à autoridade aduaneira com vistas à correta classificação da mercadoria.

Dos oito dígitos que compõem a Nomenclatura Comum do Mercosul, os seis primeiros são formados pelo Sistema Harmonizado, ao passo em que o sétimo e oitavo dígitos correspondem a desdobramentos específicos definidos no âmbito do Mercosul.