A ANEEL não possui procuradoria jurídica própria, devendo valer-se, nesta área, da Advocacia-Geral da União.

O funcionamento da ANEEL tem apoio nas superintendências de processos organizacionais, que são parte integrante do processo de gestão administrativa e base de apoio e de instrução às deliberações da Diretoria da Agência.

As três principais superintendências de processos organizacionais são a Superintendência de Regulação Econômica, a Superintendência de Estudos de Mercado e a Superintendência de Mediação Administrativa Setorial.

As reuniões ordinárias da Diretoria da ANEEL deverão seguir calendário anual estabelecido conjuntamente pela Agência e pelo Ministério de Minas e Energia, sempre com a presença de, pelo menos, quatro de seus diretores.

Praticar atos de gestão de recursos orçamentários e financeiros e de administração é atribuição comum aos diretores da ANEEL.