Os protozoários parasitas gastrintestinais de cães incluem flagelados, como Giardia, e coccídios, com os gêneros Isospora, Hammondia, Cryptosporidium, Sarcocystis e Neospora. São reconhecidas cinco espécies de Giardia que habitam o trato intestinal de virtualmente todas as classes de vertebrados, porém, a única espécie encontrada em seres humanos e na maioria dos mamíferos domésticos e silvestres, é a: