Desde o início o governo português demonstrou disposição para investir pesadamente no processo de colonização do Brasil, eliminando qualquer possibilidade de participação da iniciativa privada nessa tarefa.

Na época da colonização brasileira, a lei determinava o catolicismo e o protestantismo como religiões oficiais para a Metrópole Portuguesa.

Foi no governo de Tomé de Sousa que os franceses, contando com o apoio de grupos indígenas, como os xavantes e os caraíbas, invadiram o Rio de Janeiro e fundaram um povoado que recebeu o nome de França antártica.

Somente a partir do início do século XVII é que o colonizador português passou a utilizar o trabalho escravo indígena no Brasil.

Para o desempenho de suas funções na administração do Brasil, o governador-geral contava com auxiliares que cuidavam da defesa do litoral (capitão-mor), da fazenda (provedor-mor) e da justiça (ouvidor-mor).