A promulgação da Lei de Responsabilidade Fiscal permitiu a expansão de serviços estaduais e municipais, que até então eram executados principalmente pelas contratações de profissionais de saúde alternativas à administração direta em todo o país.

Progressivos esforços de fortalecimento do papel dos estados e da regionalização foram registrados, principalmente no final do período 2000-2002, em contraste com a ênfase municipalista do momento anterior.

A criação do Programa Saúde da Família permitiu uma expansão na cobertura dos serviços, mesmo não sendo compatível com as propostas de reforma que defendiam uma ação do Estado mais delimitada, emanada do governo brasileiro desse período.

A adoção da política nacional de controle do HIV/AIDS garantiu direitos para a população, mas aumentou consideravelmente seu custo para o sistema, devido à propriedade intelectual e aos interesses da indústria médico-farmacêutica.

Nesse período, alguns problemas estruturais do Sistema Único de Saúde foram superados devido à agenda de reforma do Estado colocada em prática, mas houve dificuldade na expansão de programas específicos e da cobertura dos serviços descentralizados.