Os órgãos públicos federais, distritais, estaduais e municipais deverão inserir o ZEE nos seus sistemas de planejamento, bem como os produtos disponibilizados pela Comissão Coordenadora do ZEE do Território Nacional, instituída pelo Decreto de 28 de dezembro de 2001 e pelas Comissões Estaduais de ZEE.

A União, para fins de uniformidade e compatibilização com as políticas públicas federais, poderá reconhecer os ZEE estaduais, regionais e locais, desde que tenham cumprido os seguintes requisitos: referendados pela Comissão Estadual do ZEE; e aprovados pelas Assembleias Legislativas estaduais.

A alteração dos produtos do ZEE, bem como mudanças nos limites das zonas e indicação de novas diretrizes gerais e específicas poderão ser realizadas após decorridos prazo mínimo de 10 anos de conclusão do ZEE, ou de sua última modificação, prazo este não exigível na hipótese de ampliação do rigor da proteção ambiental da zona a ser alterada, ou de atualizações decorrentes de aprimoramento técnico-científico.

O ZEE dividirá o território em zonas. A definição de cada zona observará, no mínimo, diagnóstico dos recursos naturais, da socioeconomia e do marco jurídico-institucional, tendências de ocupação e articulação regional e Diretrizes Gerais e Específicas.

O poder público federal elaborará, sob a coordenação do Consórcio ZEE Brasil, o ZEE da Amazônia Legal, tendo como referência o Mapa Integrado dos ZEE dos estados, elaborado e atualizado pelo Programa Zoneamento Ecológico-Econômico.