O HIV é um retrovírus RNA. Seu genoma está organizado em dois grupos de genes: pol, gag e env, responsáveis pela codificação de proteínas estruturais, e tat, ver, nef, vif, vpu, e vpr, que codificam proteínas não estruturais. Nos testes de genotipagem utilizados para o manejo da resistência viral aos antirretrovirais, são detectadas mutações em genes de ambos os grupos.