O princípio da segmentação se refere à abrangência da política de saúde objeto do protocolo, uma vez que, para cada diferente órgão ou instituição integrante do SUS, bem como para cada tipo de vínculo ou contrato de trabalho, há variações na abrangência e na espécie de ações desenvolvidas.

O princípio da valorização dos trabalhadores pressupõe o reconhecimento do papel fundamental do trabalhador do SUS na atenção integral à saúde da população, garantindo políticas e ações que permitam o fortalecimento do coletivo de trabalhadores, bem como o crescimento pessoal e profissional do trabalhador.

O princípio da setorialidade consiste em focar a atenção do SUS dentro do seu próprio segmento, independentemente dos demais órgãos ou setores da Administração Pública.

O princípio da parcialidade na atenção à saúde do trabalhador do SUS pressupõe ações de recuperação e reabilitação, excluídas as ações de promoção da saúde e prevenção de agravos.

O princípio da inegociabilidade do trabalho em saúde pressupõe a hierarquização das relações de trabalho, de modo a evitar flexibilizações que prejudiquem o bom atendimento aos usuários do sistema de saúde.