Existem altos riscos associados ao melhoramento genético utilizando TDR, pois pode-se facilmente promover, mesmo que acidentalmente, a conversão de um organismo não-patogênico em um organismo patogênico.

Os alimentos geneticamente modificados normalmente contêm novas proteínas, mas, como tais modificações são pontuais, a avaliação da segurança desses alimentos não precisa incluir testes da alergenicidade de tais proteínas.

A TDR recombinante apresenta vantagens em relação às técnicas convencionais de melhoramento genético, principalmente devido à especificidade do gene de interesse (responsável pela característica a ser alterada) e de uma maior precisão na inserção desse gene no organismo receptor.

Com o crescente aumento na oferta de alimentos produzidos a partir de organismos geneticamente modificados (OGM), vários laboratórios estão desenvolvendo novos métodos para detecção de tais OGM. Esses testes envolvem exclusivamente a detecção das seqüências de DNA geneticamente modificadas presentes nos alimentos.

A mutagênese in vitro é uma técnica largamente empregada no melhoramento genético de espécies frutíferas, uma vez que permite facilmente a obtenção de plantas mutantes com poucas mutações.