A alteração precoce causada pela doença de Crohn ocorre na mucosa do trato gastrointestinal.

É um processo inflamatório granulomatoso transmural que acomete todas as paredes do trato gastrointestinal.

As manifestações extraintestinais mais frequentes são dacriocistite, arterite e conjuntivite.

Acomete mais comumente o íleo proximal e o cólon sigmoide.

O aumento das dimensões de linfonodos mesentéricos é incomum.