A Administração Superior da UFSM é constituída e desempenhada tão somente pela Reitoria, que é o seu órgão de execução máximo.

À Reitoria da UFSM compete aprovar o calendário escolar, normas sobre processo de seleção de ingresso no ensino superior, currículos e programas, matrículas, transferências, verificações de rendimento escolar, aproveitamentos de estudos, regimes de pesquisa e extensão, além de outras matérias de sua competência.

O Conselho Universitário é o Colegiado Máximo de deliberação coletiva para assuntos administrativos e de definição da política geral da UFSM.

O Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão da UFSM é o órgão de controle e fiscalização econômico- financeira da UFSM.

Ao Conselho de Curadores da UFSM compete, dentre outras atribuições, aprovar a celebração de convênios, acordos, ajustes e outros intrumentos congêneres com governos estrangeiros ou organismos internacionais e entidades estrangeiras ou nacionais, públicas, autárquicas ou privadas.