O Supremo Tribunal Federal não está submetido às deliberações do Conselho Nacional de Justiça, pois o regime políticodisciplinar dos seus Ministros é regido por normas especiais.

Ao Poder Judiciário é assegurada autonomia administrativa, financeira e normativa.

O Conselho Nacional de Justiça não integra o Poder Judiciário, cabendo-lhe, apenas, o controle da atuação administrativa e financeira desse poder, bem como o controle do cumprimento dos deveres funcionais dos juízes.

Aos juízes são asseguradas algumas garantias, que se destinam a efetivar a independência da atividade judicial. A garantia da inamovibilidade é excepcionada quando presente o interesse público, e o ato de remoção do magistrado deve fundar-se em decisão por voto de maioria simples do respectivo tribunal, com revisão obrigatória do Conselho Nacional de Justiça.

Conforme a Constituição Federal, são órgãos do Poder Judiciário: o Supremo Tribunal Federal, o Conselho Nacional de Justiça, o Superior Tribunal de Justiça, os Tribunais Regionais Federais e Juízes Federais, os Tribunais e Juízes do Trabalho, os Tribunais e Juízes Eleitorais, os Tribunais e Juízes Militares, os Tribunais e Juízes dos Estados e do Distrito Federal e Territórios, sendo obrigatório o ingresso de seus membros por meio de concurso público.