No fim do primeiro mandato do Governo Lula, o MEC assumiu função fiscalizadora, utilizando-se dos resultados do ENADE como balizadores para a realização de visitas de especialistas às instituições e atribuições de conceito a estas.

A proposta inicial do SINAES estava baseada na centralidade da avaliação institucional e incluía a aplicação de uma prova a uma amostra dos alunos ingressantes e concluintes por área de conhecimento.

O SINAES aprovado em lei estabeleceu a avaliação institucional, composta por autoavaliação e avaliação externa, a avaliação de cursos, com visitas in loco de avaliadores externos e a avaliação dos estudantes, por meio do ENADE.