Os pólipos retais e gástricos não podem ser removidos por via endoscópica, pois há necessidade de alças endoscópicas providas de eletrocautério, o que ainda não está liberado na prática médico-veterinária.

Remoção de objetos estranhos, mas não é a melhor maneira de remover objetos esofágicos estranhos, pois trás risco demasiado ao paciente, a remoção cirúrgica é recomendada.

Para dilatação de estenoses, controle de hemorragias, transplantes de parte ou de todo o órgão, o principal uso dessa técnica em medicina veterinária é na inspeção e obtenção de amostras teciduais ou citológicas da mucosa.

Obtenção de biópsias de órgãos, remoção de corpos estranhos, exame da superfície interna de estruturas ocas e realização de procedimentos tipicamente executados por cirurgias mais invasivas.

Para o diagnóstico de diversos distúrbios, tais como câncer, histoplasmose, prototecose e enterite eosinofílica, sem a necessidade de um exame citológico.