O Instituto Federal Goiano (IFG), em seu campi de Cristalina, oferece cursos voltados para o setor agropecuário tanto no ensino médio quanto no ensino superior.

Cristalina conta com centros de educação infantil, escolas de ensino fundamental e médio, mas não possui instituição pública, privada ou do terceiro setor que atenda a pessoas portadoras de necessidades especiais.

Todos os professores da rede municipal de educação são profissionais efetivos, contratados por meio de concurso público de provas e títulos.

No município, apenas o povoado de São Bartolomeu e o distrito de Campos Lindos são dotados de estabelecimentos educacionais na zona rural.