A citometria de fluxo permite a avaliação simultânea de componentes celulares através da medição do desvio de luz incidente sobre o alvo e de sinais fluorescentes gerados, no entanto, só permite a análise de grupos celulares e não uma única célula.

Os citômetros de fluxo utilizados em laboratório de análises clínicas são idênticos aos citômetros que utilizam a fluorescência na avaliação das características das células marcadas com fluorocromos.

Os citômetros de fluxo que apresentam apenas os parâmetros granulosidade e tamanho celular também podem ser utilizados no monitoramento da contagem de linfócitos T CD4⁺ em pessoas vivendo com HIV/AIDS e no diagnóstico e prognóstico das leucemias e linfomas.

As células podem ser analisadas por citometria de fluxo se estiverem dispersas, individualmente, em uma suspensão fluida (tampão). Então, podem ser marcadas, simultaneamente, com diferentes fluorocromos.

Os parâmetros morfológicos avaliados pelo citômetro de fluxo, através do espalhamento da luz que incide sobre as células, são a granulosidade (FS – frontal scater) e tamanho (SS – side scater).