A principal diferença entre PERT e CPM encontra-se no tratamento das estimativas de tempo e na capacidade de incluir atividades repetitivas e não repetitivas.

Enquanto o PERT utiliza única estimativa de tempo para cada atividade, o CPM considera a média entre a duração otimista, provável e pessimista.

O PERT e CPM foram criados para se completarem, sendo sempre implantados conjuntamente.

O CPM destaca atividades fora daquelas essenciais para a finalização, em tempo, de uma dada obra. Seu objetivo reside em não agravar atividades secundárias para que as atividades prioritárias se mantenham dentro do cronograma.

O PERT estabelece um índice de acompanhamento da obra onde valores próximos a 1 indicam alta probabilidade de que a obra acabe no prazo e valores próximos a zero indicam atraso.