Estabelece os critérios e valores para a remuneração de serviços e os parâmetros de cobertura assistencial, que não precisam ser aprovados no Conselho Nacional de Saúde.

Elabora a proposta do orçamento que a seguridade social destinará ao SUS de acordo com a receita estimada, quanto aos recursos necessários à realização de suas finalidades, com a participação dos órgãos da Previdência Social e da Assistência Social, tendo em vista as metas e prioridades estabelecidas na Lei de Diretrizes Orçamentárias.

Mesmo supervisionando as ações desenvolvidas pela Fundação das Pioneiras Sociais e pelo Instituto Nacional do Câncer, estas instituições não são mais referenciais de prestação de serviços, formação de recursos humanos e para transferência de tecnologia, que passou para os hospitais universitários e de ensino após a integração destas ao SUS.

Não lhe compete definir e coordenar os sistemas de Vigilância Sanitária, que é da Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa).