para a clonagem de insertos maiores de 300 kb, um sistema de vetor eucariótico é necessário; assim, os YACs (cromossomos artificiais de leveduras), que contêm sequências cromossômicas de levedura como centrômero, telômeros e origem de replicação, constituem a opção de escolha.

os plasmídeos mais utilizados na clonagem são pequenos e de fácil manipulação; apesar de não replicarem o seu DNA independentemente do cromossomo bacteriano, eles são muito usados como meio eficiente de amplificar o DNA clonado, pois existem muitas cópias de plasmídeos por bactéria.

os cosmídios são vetores híbridos de fagos λ e plasmídeos, e seu DNA pode replicar-se na célula, como de um plasmídeo, ou ser embalado, como de um fago; entretanto, os comídios só podem levar inserções de DNA com um terço do tamanho que as carregadas pelo próprio fago λ.

um modo de detectar um gene clonado específico é detectando seu produto proteico expresso na bactéria; os vetores de expressão permitem a expressão de genes clonados, isto é, transcrevem e traduzem o mRNA em proteínas. Entretanto, como as bactérias não podem processar éxons, as sequências clonadas devem ser livres destes.

a grande vantagem de usar vetores virais é que o gene clonado pode ser introduzido nas células em uma frequência significativamente mais alta que por simples transformação. No entanto, os vetores derivados dos retrovírus não efetuam a integração do DNA clonado em cromossomos de mamíferos, permitindo somente a expressão temporária do gene.