Pacientes com hepatite autoimune devem ser testados para doenças de tireoide e doença celíaca no momento do diagnóstico.

O diagnóstico de HAI é baseado em achados clínicos e laboratoriais característicos (aspartato aminotransferase [AST] e alanina aminotransferase elevadas [ALT] e aumento da concentração sérica de IgG com presença de um ou mais autoanticorpos característicos), dispensando o exame histopatológico.

A hepatite autoimune tipo 1 é caracterizada por apresentar anticorpos contra o microssomo do rim e do fígado tipo 1 (anti-LKM1), geralmente na ausência de ANA (anticorpos antinucleares) e SMA (anticorpos antimúsculo liso).

A hepatite autoimune tipo 2 é caracterizada por apresentar anticorpos antinucleares (ANA) e/ou anticorpos de músculo liso (SMA)/anticorpos antiactina.

A principal característica histopatológica da hepatite autoimune é a hepatite de granulomas eosinofílicos.