A identificação do Limiar Motor (LM), mediante aplicação do Potencial Motor Evocado (PME) sobre a área motora suplementar, é um parâmetro de quantificação indireta da sensibilidade individual aos estímulos da EMTr.

O LM é definido de forma dinâmica, como a maior intensidade de estimulação capaz de provocar ao menos 5 Potenciais Motores Evocados no músculo abdutor breve do polegar em 10 estimulações com pulsos simples.

Em relação às bobinas “em oito”, também conhecidas como bobinas em forma de borboleta, a região onde vai ocorrer a estimulação não é no centro da bobina, mas ao seu redor.

A EMTr pode provocar convulsões generalizadas, sendo que a maioria dos casos ocorreu quando a estimulação foi realizada com o foco magnético sobre o córtex motor primário.