O Gabinete do Comandante da Marinha é o órgão central do Sistema de Ensino Naval.

Os cursos e estágios do SEN não poderão ser ministrados a distância.

O projeto pedagógico é o documento básico que define as atividades escolares desenvolvidas no âmbito de curso ou estágio, estabelecendo seus objetivos, estrutura, duração e aferição do aproveitamento escolar.

O Ensino Profissional Marítimo, destinado ao preparo técnico-profissional do pessoal a ser empregado pela Marinha Mercante, é de responsabilidade da Marinha e objeto de legislação específica.

Ao Comandante da Marinha compete selecionar os instrutores.