Bactérias gram-negativas retêm o corante e apresentam coloração negro-azulado quando observadas em microscópio óptico.

Bactérias gram-positivas perdem a coloração primária com cristal-violeta quando são descoradas e captam a coloração da safarina, aparecendo vermelhas quando observadas em microscópio óptico.

Na técnica de Ziehl-Neelsen passa-se a lâmina no bico de Bunsen para que se desprendam os vapores, parando-se o aquecimento após dez minutos de fervura

A coloração de gram pode ser utilizada para identificar formas não bacterianas, como tricomonas e larvas de estrongiloides.

A coloração de gram é feita com um esfregaço espesso no material a ser analisado e pode ser observada ainda úmida logo após o processo