Entre seus objetivos, pode-se elencar: a democratização das condições de permanência dos jovens na educação superior pública federal, a busca pela redução dos efeitos das desigualdades sociais e regionais na permanência e conclusão da educação superior, o aumento das taxas de retenção e a promoção da inclusão social pela educação.

O PNAES deve atender prioritariamente estudantes que cursaram a educação básica na rede pública de ensino ou que sejam membros de famílias com renda per capita de até um salário mínimo e meio.

Os critérios e a metodologia de seleção dos alunos a serem beneficiados são determinados pelo Ministério da Educação e as instituições federais de ensino devem executar as ações seguindo estas determinações.

O PNAES deverá ser implementado de forma articulada com as atividades de ensino, pesquisa e extensão, visando o atendimento de todos os estudantes regularmente matriculados em cursos de graduação das instituições federais de ensino superior.