A separação de produtos de DNA amplificados através da eletroforese em gel de agarose dá-se devido à carga positiva dessas moléculas e diferença de peso molecular.

Em um ensaio de PCR, a escolha da temperatura de anelamento de primers independe do conteúdo GC desta sequência.

A hidroxila na posição 2’ da ribose confere a carga negativa da molécula de DNA, propriedade fundamental para PCR que faz uso de eletroforese em gel de agarose.

A temperatura na qual 50% do DNA está desnaturado é denominada temperatura média de fusão, propriedade utilizada na PCR em tempo real com uso de agentes intercalantes de DNA.

No sequenciamento de DNA pelo método de Sanger, emprega-se didesoxirribonucleosídeos trifosfatados denominados terminadores de cadeia, devido à retirada do grupamento PO₄ ^- do nucleotídeo.