As funções de um museu universitário estão ligadas à história da universidade, da formação da coleção e da região em que se localiza, aliadas às políticas de ensino, pesquisa e extensão das universidades.

Grande parte dos museus universitários foi criada antes da existência de cursos de artes, mas há exceções em que as universidades formaram coleções para o ensino e a pesquisa de belas-artes e história da arte.

Os primeiros museus universitários formaram-se a partir da doação de grandes coleções particulares às universidades; um exemplo é o Ashmolean Museum da Universidade de Oxford, na Grã-Bretanha.

Grande parte dos museus universitários brasileiros foram fundados no século XX, com três exceções no século XIX: Museu Nacional/UFRJ, Museu de Zoologia/USP e Museu Paulista/USP.

Sendo ambos considerados unidades da universidade, museu universitário e coleção universitária não apresentam diferenciações conceituais.