A farmacotécnica hospitalar é um serviço importante porque permite a individualização das doses e fórmulas, mas aumenta o custo dos medicamentos para a Instituição e, por esse motivo, é tão pouco adotada em serviços de saúde.

Quando realizada em hospitais, pode disponibilizar medicamentos e soluções que o mercado não dispõe e em diferentes concentrações, quantidades e volumes.

As associações em farmacotécnica são indesejadas, pois podem aumentar o risco de interações medicamentosas e efeitos adversos dos medicamentos.

Hospitais que manipulam nutrição parenteral e quimioterapia não podem manipular também germicidas e saneantes pelo alto riso de contaminação cruzada.