A ação do pH do hidróxido de cálcio se processa nos sítios enzimáticos essenciais do microrganismo, causando efeitos biológicos lesivos sobre a célula bacteriana.

O efeito do baixo pH (5,9) do hidróxido de cálcio altera a integridade da membrana citoplasmática por meio da destruição de fosfolipídeos.

O efeito residual na neutralização do lipopolissacarídeo bacteriano desfavorece o processo de reparação tecidual por necrose.

A elevada concentração de íons de cálcio estimula a elevação da permeabilidade vascular no tecido de granulação de dentes despolpados, conduzindo ao efeito anti-inflamatório.

O uso de elevadas concentrações de glicerina ou de propilenoglicol como veículo pode, a longo prazo, aumentar a efetividade do hidróxido de cálcio como medicação intracanal.