Dentro dos limites da área do porto organizado, compete à Autoridade Marítima estabelecer e divulgar o calado máximo de operação dos navios, em função dos levantamentos batimétricos efetuados sob sua responsabilidade.

A operação portuária em instalações localizadas fora da área do porto organizado será disciplinada pelo titular da respectiva autorização, observadas as normas estabelecidas pelas autoridades marítima, aduaneira, sanitária, de saúde e de polícia marítima.

Dentro dos limites da área do porto organizado, compete à Autoridade Marítima promover a remoção de embarcações ou cascos de embarcações que possam prejudicar o acesso ao porto e a segurança da navegação local.

O ato do Presidente da República disporá sobre a definição da área dos Portos Organizados, a partir de proposta apresentada pela Secretaria de Portos da Presidência da República e ouvidas as Autoridades Marítima e Ambiental.

Compete exclusivamente à administração do porto organizado autorizar a entrada e saída, inclusive atracação e desatracação, o fundeio e o tráfego de embarcação na área de sua responsabilidade.