Embora possam atingir o status de espécies invasoras, macrófitas aquáticas flutuantes são utilizadas como indicadores e biorremediadores de poluição.

Além de impedir o crescimento de algas, as macrófitas aquáticas contribuem na remoção de Fósforo, Nitrogênio e matéria orgânica.

Os reservatórios têm sido os ambientes mais afetados pelo crescimento excessivo de macrófitas aquáticas, pois ao contrário dos seus ambientes naturais, as terras alagáveis, não há ciclos de inundação e seca que agem como mecanismo natural de controle.

As cianobactérias são organismos fotoautrótofos, eucariontes, cuja proliferação em represas favorecida pela escassez de matéria orgânica produz o fenômeno conhecido como "maré colorida" (ou "vermelha").

As mudanças produzidas pelo represamento dos rios, como a passagem do ambiente lótico para o lêntico, resultam no desaparecimento de espécies estritamente fluviais, e num rearranjo das espécies remanescentes.