A ocorrência de prematuridade é maior nas gastrosquises e a frequência de anomalias congênitas associadas é maior nas onfaloceles.

Atualmente, nos grandes centros, a sobrevida em gastrosquise ocorre em 85 a 90% dos casos, sendo a mortalidade determinada, principalmente, por infecções e malformações associadas.

Devemos suspeitar de complicações devido ao fechamento primário quando surgir: anúria ou oligúria, trombocitopenia, colapso cardiovascular ou necessidade de suporte inotrópico.

Nas onfaloceles, além de ecocardiografia e cariótipo, é necessária a investigação de anomalias renais e neurológicas.

Algumas crianças podem apresentar dismotilidade intestinal prolongada e acredita-se que isto se deva à diferenciação retardada das células de Cajal.